前作「StarHorse3 SeasonⅠ A NEW LEGEND BEGINS.」（以下、SeasonⅠ）をプレイしていた方は、ゲームデータ（一部を除く）を引き継ぐことができます。
→ 引き継がれます。
●廐舎名 ●勝負服 ●廐舎レベル・廐舎ポイント ●セレブランク
●所持ＳＨ・累積ＳＨ ●アイテム ●サイロ飼葉 ●パートナー廐舎設定
以上のデータを引き継ぐことが可能です。
→ 初期化（リセット）されます。
●通算獲得賞金 ●通算成績 ●通算所有頭数 など、
廐舎・競走馬・騎手・レジェンドホースに関する通算成績は、全て初期化（リセット）されます。
※ウイニングラリーに関しては後述します。
→ 前５走成績を除き引き継がれます。ただし３歳馬は古馬になります。
競走馬・騎手の能力や、ＷＢＣ出走権・ＪＧＰ出場権・代数・血統などは、全て引き継がれます。
※レーシングプログラムが変更されるため、「放牧されたレース」は全て「中山金杯」になります。
バージョンアップにより、競走馬の能力が低下することはありません。
ただしレース出走時、前５走成績を参照できない(未出走として扱われる)ため
オッズの付き方が(一時的に)従来と変わることがあります。
オッズへの影響は、SeasonⅡ移行後に十分な調教・飼葉を
実行して頂くことで緩和されます。
→ 引き継がれます。
SeasonⅠで生産された殿堂馬もプレミアカップへのエントリーが可能です。
「StarHorse2 FINAL DESTINATION」以前のバージョンで生産された殿堂馬は、プレミアカップにエントリーできません。
→ 引き継がれます。
→ 全てのランキングデータが初期化（リセット）されます。
SeasonⅠで生産（募集）された競走馬（騎手）は、殿堂馬（殿堂騎手）ランキングには登録されません。
→ バージョンアップ直前までの成績に応じて買い取りとなります。
レジェンドホースを所有したままログアウトされていた場合、バージョンアップ直前までの成績に応じて買い取りとなります。
※ゲーム内でレジェンドホースの履歴はご覧になれません。
※レジェンドホースが獲得した賞金（メダル）、ＳＨ、ウイニングラリー勝利マークは、
全て次回ログイン時に受け取ることができます。
→ 引き継がれます。
ただしSeasonⅡで廃止となるレースは、新設されるレースやスタンプカードに振り替えられます。
●各グレードの「達成」「未達成」の状況は、そのまま引き継がれます。
●SeasonⅠ/SeasonⅡの両方に存在するレースの勝利マークはそのまま引き継がれます。
●SeasonⅡで廃止となる次のレースの勝利マークは新設されるレースに振り替えられます。
| 廃止となるレース | 振り替え先となるレース | |
| アメリカジョッキークラブＣ | → | 日経新春杯 |
| フィリーズレビュー | → | 阪神牝馬ステークス |
| セントライト記念 | → | 神戸新聞杯 |
| マーチステークス | → | ダービー卿チャレンジＴ |
| 福島牝馬ステークス | → | チューリップ賞 |
| ＣＢＣ賞 | → | 京阪杯 |
| 七夕賞 | → | 朝日チャレンジカップ |
| 函館記念 | → | 新潟記念 |
| 小倉記念 | → | 小倉大賞典 |
| キーンランドカップ | → | 函館スプリントステークス |
| レパードステークス | → | ラジオＮＩＫＫＥＩ賞 |
| みやこステークス | → | 平安ステークス |
| 万葉ステークス | → | 都大路ステークス |
| 福島民報杯 | → | ディセンバーステークス |
| 谷川岳ステークス | → | 六甲ステークス |
| 札幌日経オープン | → | メトロポリタンステークス |
| 京洛ステークス | → | カシオペアステークス | ファイナルステークス | → | リゲルステークス |
●SeasonⅡで廃止となる次のレースの勝利マークは、スタンプカード（スタンプ３０個獲得済み）に交換されます。
| 廃止となるレース | スタンプカード還元枚数 | |
| 大沼ステークス | → | 1枚（スタンプ30個） |
| 福島民友カップ | → | 1枚（スタンプ30個） |
※スタンプカードの最大所持枚数は９９枚です。これを超える分は破棄されてしまいますので、ご注意ください。
●SeasonⅡで新設される次のレースは、勝利マークを獲得した状態になります。
| 新設となるレース |
| イギリスダービー |
| キングジョージⅥ＆ＱＥＳ |
| 東京大賞典 |
| ジャパンダートダービー | 青葉賞 | 京王杯スプリングＣ | ダイヤモンドステークス |